La Réserve Naturelle des Marais de Séné protège 410 hectares d'un ensemble naturel plus vaste, la "Rivière de Noyalo", qui s'étend sur environ 1 000 hectares. Cet estuaire fait lui-même partie du Golfe du Morbihan.

Du Nord au Sud, la réserve s'étend sur près de 4 km. Sa frange orientale, bordée par le chenal principal de la Rivière de Noyalo, compose un paysage estuarien avec des vasières bordées par de vastes prés-salés. Ceux-ci sont séparés par des étiers, chenaux étroits bordés par les digues des anciens marais salants. Les espaces que recouvrent les marées occupent une superficie de 255 hectares, dont 70 hectares de prés-salés.

Les marais proprement dits constituent un ensemble de 50 bassins occupant une superficie d'environ 165 hectares.

Au nord, les digues entretenues des marais de l'Étier de Falguérec retiennent l'eau dans des bassins aux dimensions variables. Au sud, les marais de Michotte et Kerarden ont beaucoup souffert d'un manque d'entretien suite à l'abandon de la saliculture. Les digues, affaissées, comportent souvent des brèches qui laissent pénétrer la marée.

Sur les trois presqu'îles, Pen Aval, Brouel et Dolan, on trouve des prairies, des friches post culturales et des cultures. On compte 141 hectares de terres agricoles.

À l'intérieur du site, on observe une variété de paysages. La partie nord-ouest de la réserve, le long de l'Étier de Falguérec, est caractérisée par un paysage relativement fermé. Les anciens marais salants, bordés de haies bocagères hautes, sont isolés de la Rivière de Noyalo par les presqu'îles de Dolan et de Brouel : " les marais salants à la campagne ". À l'est et au sud, le paysage s'ouvre sur les vastes étendues de la Rivière de Noyalo, les marais de Michotte et Pen Aval. Le bocage très clairsemé est composé de haies basses.

Les zones habitées et les bâtiments agricoles établis sur les points hauts périphériques (hameaux de Michotte, Kerarden et Montsarrac) et dans des exclos au cœur géographique de la réserve (hameaux de Brouel-Kerstang, Brouel-Kerbihan et Brouel-Le Goho) marquent fortement les paysages. Ces constructions se sont développées récemment pour certaines d'entre elles.